厦门中山医院是1928年由海外华侨和厦门地方名士筹资创办的综合性医院。“文革”期间被撤销。1981年厦门经济特区成立后，厦门市政府决定迁址复办厦门中山医院。1982年开始在厦门经济特区新市区中心的筼筜湖边填海造地100亩，建设现代化的新中山医院，1988年开诊收容病人。为了动员海内外侨胞和社会各界人士帮助支持中山医院复办，1988年由厦门市知名人士林梦飞、林承志、陈村牧、张圣才、张述等发起筹建厦门中山医院基金会，得到厦门市政府同意。1993年经福建省民政厅批准成立，准予登记。业务主管单位为福建省侨务办公室。
    厦门中山医院基金会成立后，在创会理事长施能鹤先生（原厦门市政协主席）和第二、第三届理事长蔡模楷先生（原厦门市政府秘书长）的领导下，团结全体理事，弘扬中山先生“天下为公、服务社会”的精神，秉承基金会“支持医院建设、帮助贫困病人、协助员工培训、推进医学交流”的宗旨，积极联络和争取海外侨胞、港澳台同胞和社会各界人士支持新复办的中山医院建设，获得资金、设备等共计5000多万元人民币投入医院建设，同时帮助医院开展员工培训，支持学科建设，加强医学交流，促进了医院发展。与此同时，基金会还动员爱心单位捐赠善款资助闽西南地区先天性心脏病贫困患孩、老年人性白内障贫困病人，乳腺癌贫困妇女，重病大病贫困患者的住院和急诊抢救治疗。取得较好的社会效果。
    2010年9月18日，本会召开第四届理事大会，选举产生了新的理事会和领导机构。根据国务院《基金会管理条例》的要求，结合构建和谐社会的实际，在继续支持中山医院建设和发展的同时，本会把工作重点转移到弘扬大爱精神，做好公益事业，全力资助贫困患者重病住院治疗和急诊危重病人的抢救治疗上。几年来，本会先后开展了先天性心脏病、脑瘫患儿康复、乳腺癌根治术、慢性肾透析治疗、老年性白内障复明工程、血液病治疗、重病大病资助以及急诊急救资助等专项助困活动，使数以千计的贫困患者得到及时有效的资助，受到了社会各界的普遍赞誉和上级组织的认可。并连续四年获得省财政厅、国税局、地税局和省民政厅批准的捐赠税前扣除资格单位。
    厦门中山医院基金会衷心感谢社会各界、各爱心企业和慈善人士对本会的关心与支持，感谢您们发扬“人道、博爱、奉献”的崇高精神，资助许多贫困患者战胜病魔，恢复健康的善举。竭诚欢迎社会各界人士同怀慈善爱心、共伸援助之手，关注弱势群体，共建和谐社会，为实现中华儿女的健康梦而努力。